Родился в 1750 году. Происходил из дворян Полтавской губернии. Сын Анны Ивановны и Андрея Филипповича Санковского (1730-1818), лекаря князя Г. А. Потёмкина, статского советника.
Служил по Министерству иностранных дел. В 1801-1805гг. - генеральный консул в Генуе.В 1805 был направлен с дипломатической миссией в Черногорию (Монтенегро). Благодаря его деятельности русско-черногорские отношения были нормализованы. Поездка Санковского обеспечивала намеченную военно-морской экспедицию адмирала Д. Н. Сенявина в Средиземное море, в задачи которой входила защита Ионических островов и Греции от возможного вторжения французов. Сенявин блокировал оккупированный французами Дубровник, но в июне осада была снята под нажимом Австрии. Вместе с черногорским владыкой Петром Петровичем-Негошем Санковский начал подготовку к военной операции, имевшей целью не допустить занятия наполеоновской армией прежних австрийских владений на Адриатическом побережье. В начале русско-турецкой войны 1806-1812 Пётр I Негош при активном участии Санковского разработал план вступления русско-черногорско-бокельских войск в Герцеговину. Однако в ходе зимне-весенней (1807г.) герцеговинской операции Санковским, взявшимся за несвойственное ему дело, были допущены грубые ошибки и просчеты, что привело к провалу операции, большим потерям и пленению 60 русских солдат. Покинул Черногорию в 1807 году после сдачи Котора французам. Затем до 1810 состоял при посольстве в Париже, потом в ведомстве Коллегии иностранных дел. С 26 декабря 1816г. - градоначальник Феодосии. Действительный статский советник. За службу удостоен орденов Св. Владимира 3-й степени и Св. Анны 2-й степени.
Скончался 8 или 9 марта 1818 года в Феодосии.