Родился 17 марта 1889 года в районе Ялты (по одним сведениям, в деревне Айвасиль, по другим – в деревне Аутка, а по третьим – и вовсе в Алупке). Отец – бахчисарайский мещанин Селямет Халиль-оглу Чапчакчи, мать звали Айше. С января 1909 по июнь 1912 года учился в Симферопольской частной мужской гимназии Волошенко, в 1917 году окончил медицинский факультет Новороссийского (ныне Одесский) университета.
По окончании университета в апреле 1917 года истекает период его отсрочки от воинской повинности, и 24 апреля Халиль Чапчакчи зачислен в «заурядные врачи первого разряда и назначен на Северный фронт». Службу, по крайней мере до конца июля 1917 года, он проходил в 730-м пехотном Городечненском полку. Вместе с Али Боданинским он редактирует в это время газету «Миллет» – орган Крымского Мусисполкома. В ноябре-декабре 1917 года он становится делегатом Первого Курултая, а после убийства Номана Челебиджихана и отъезда за границу Джафера Сейдамета, по словам Асана Сабри Айвазова, – Чапчакчи и Амет Озенбашлы (также врач по образованию, выпускник Новороссийского университета, видный деятель Курултая) становятся «главными руководителями и идеологами партии «Милли Фирка». В 1920 году, когда белые начали преследовать татарских националистов и арестовывать их, Амет Озенбашлы и Халиль Чапчакчи решили на лодке перебраться в Румынию или в Болгарию… Они наняли лодку и благополучно вышли в открытое море. Но внезапно поднявшийся шторм выбросил их на берег между Саками и Севастополем». Оттуда они добрались в какую-то деревню, а потом тайком дошли до Бахчисарая. Чапчакчи укрывался в деревне Биюк-Озенбаш, а Озенбашлы – в Симферополе, у миллифирковца Сеит-Омера Таракчи. После смены власти Халиль вышел из подполья. В октябре 1921 года была образована Крымская Автономная Советская социалистическая республика, членами Центрального Исполнительного Комитета были избраны Озенбашлы, Чапчакчи, а также лидер «Милли Фирка», Бекир Чобан-заде. С ноября 1921г. по июль 1928г. – нарком здравоохранения Крымской АССР. Ликвидация «Милли Фирка» и жестокие репрессии против его руководителей начались сразу после ареста председателя ЦИК Крымской АССР Вели Ибраимова в феврале 1928 г. (расстрелян в мае того же года). В июле 1928 года арестован. Приговор – высшая мера наказания – расстрел. Более года Халиль Чапчакчи содержались в камере смертников Бутырской тюрьмы, а в январе 1931 г. коллегия ОГПУ заменила смертную казнь на 10 лет исправительно-трудовых лагерей. Оба были отправлены на строительство Беломорско-Балтийского канала. Следы Халиля Чапчакчи там и теряются. Дата и причина его смерти до сих пор неизвестны.