Родился около 1397 года предположительно в городе Лиде, одном из городов Великого княжества Литовского, где его семья проживала в эмиграции из-за нестабильного положения в Крыму. Среди его предков были эмиры (провинциальные наместники) Крымского улуса Золотой Орды. Хаджи Герай вёл своё происхождение от Тука-Тимура, тринадцатого сына Джучи и внука знаменитого монгольского великого хана-завоевателя Чингисхана. Отцом Хаджи Герая был Гыяс-эд-Дин, а матерью - Асия, дочь мурзы. Гыяс-эд-Дин был старшим сыном Таш-Тимура, который в 1395 году провозгласил себя независимым крымским ханом.
В 1428 году Хаджи Герай, пользовавшийся поддержкой великого князя литовского Витовта, захватил Крымский улус. Во главе 16-тысячного войска Хаджи Герай занял Эски-Кырым. На сторону Хаджи Герая перешли крупные крымские мурзы из рода Ширин. Под власть нового хана перешли города Кырк-Ер и Солхат. В том же году золотоордынский хан Улу-Мухаммед решил подчинить Крым своей верховной власти и организовал поход на Хаджи Герая. Тегене-бей, глава рода Ширин, перешёл на сторону Улу-Мухаммеда и во главе татарского войска вторгся в Крым. Хаджи Герай, лишившийся поддержки знати, бежал из Крыма в Дешт-и-Кипчак, а оттуда перебрался в литовские владения. В 1431 году во главе нового войска, собранного в Литве, Хаджи Герай предпринял поход на Крым и осадил город Солхат, который вынужден был капитулировать. В это время ширинский мурза Тегене-бей рассорился с ханом Золотой Орды Улу-Мухаммедом и вернулся в Крым. Под Перекопом Хаджи Герай встретился с Тегене-беем, который признал его своим повелителем. Сотрудничество с Витовтом вылилось в то, что Хаджи Герай участвовал в международном европейском съезде 1429 в Луцке, где обсуждались планы совместного похода христианской Европы на турок. В 1434 году хан Золотой Орды Улу-Мухаммед во главе большого войска выступил в поход на Крымский улус, чтобы вновь подчинить его своей верховной власти. Ширинские мурзы изменили Хаджи Гераю и перешли на сторону Улу-Мухаммеда, ударив в тыл крымскому хану. Хаджи Герай потерпел поражение от противника. С остатками своих войск Хаджи Герай отступил из Крыма за Днепр. Хаджи Герай удалился в литовские пограничные владения, где вскоре собрал новое войско и готовился к походу на Крым. В это время в самом Великом княжестве Литовском шла ожесточенная и кровопролитная феодальная война за великокняжеский престол между двоюродными братьями Свидригайлом Ольгердовичем и Сигизмундом Кейстутовичем. Золотоордынский хан Улу-Мухаммед, опасаясь Хаджи Герая, разорвал свой союз со Свидригайлом и стал поддерживать Сигизмунда. Великий князь литовский Сигизмунд Кейстутович вначале хорошо принял Хаджи Герая и обещал ему свою поддержку, но потом решил его задержать, чтобы он не вернулся в Крым. Хаджи Герай был приглашён в Вильно, где он стал проживать в качестве почётного заложника. Великий князь литовский Сигизмунд дал в держание Хаджи Гераю замок Лиду с округой. Около 1440 года крымскотатарская аристократия во главе со знатными кланами Ширин и Барын обратилась к новому великому князю литовскому Казимиру Ягеллончику с просьбой отпустить Хаджи Герая в Крым для того, чтобы возвести его на ханский престол. Казимир вызвал Хаджи Герая из Лиды в Киев, где последний встретился с бейскими посланцами, а затем в их сопровождении выехал из Киева в Крым. Кроме татарской свиты, Хаджи Герая сопровождал литовский военачальник Радзивилл. Крымские беи и мурзы во главе с Тегене Ширином присягнули Хаджи Гераю как своему правителю, а литовский маршалок Радзивилл утвердил его на ханском престоле от имени великого князя литовского Казимира Ягеллона. Хаджи Герай прибыл в Крым, и в марте 1441 года генуэзские источники уже упоминают Хаджи Герая в качестве нового крымского правителя. В следующем 1442 года произошёл военный конфликт между Хаджи Гераем и генуэзской колонией Кафой. Кафский консул вступил в переговоры с ханом Большой Орды Сеид-Ахмедом, обещая ему свою поддержку во время вторжения в Крым. Генуэзцы предложили крымскому хану заключить новое мирное соглашение на невыгодных для Хаджи Герая условиях. В решающей битве крымский хан Хаджи Герай, применив хитрость, разбил врага. Кафа обменяла пленных и пошла на уступки. В это же время хан Сеид-Ахмед с большим войском вторгся в Крым и без боя изгнал Хаджи Герая из Солхата. Ширинские мурзы перешли на сторону Сеид-Ахмеда и признали его крымским ханом. Хаджи Герай бежал из Крыма на Днепр, где стал собирать войска для продолжения борьбы. Хан Большой Орды Сеид-Ахмед собрал дань и сжег Солхат, чем лишил себя поддержки со стороны крымской знати. После отступления Сеид-Ахмеда из Крыма, Хаджи Герай укрепился в Перекопе и продолжил борьбу против Большой Орды. Пока Сеид-Ахмед был занят войной на Дону, Хаджи Герай попытался захватить кочевья его подданных в Дешт-и-Кипчаке. Хаджи Герай был отражён и отступил в Перекоп. Ханский наместник, узнав о поражении Хаджи Герая, попытался захватить Перекоп и прорваться к Сеид-Ахмеду. Хаджи Герай разгромил его, но преследовать не стал. Он начал укреплять Перекоп и готовиться к нападению Сеид-Ахмеда. В 1445 году хан Большой Орды Сеид-Ахмед, одержав победу над своими соперниками, с большим войском выступил в поход против Хаджи Герая. Сеид-Ахмед осадил Перекоп, но не смог им овладеть. Во время отступления противника Хаджи Герай нанес Сеид-Ахмеду серьёзное поражение. Хан Большой Орды, потеряв много людей и коней, отступил за Дон. Вместе с отрядами ширинских и барынских мурз Хаджи Герай вступил в Крым, где был провозглашён ханом. Отвергнув зависимость Крыма от Золотой Орды, Хаджи Герай стал первым независимым правителем Крымского Юрта. Последние ордынские правители не признали этой независимости, и Хаджи Гераю приходилось вести борьбу с ними. Хаджи Герай одержал две крупные победы над ханами Золотой (Большой) Орды. Сеид-Ахмед-хан, контролировавший степи от Днестра до Дона, совершал многочисленные набеги на приграничные литовские и польские земли. В 1465 году крымский хан Хаджи Герай разгромил в битве на Дону хана Большой Орды Махмуда, выступившего в поход на Русь. Во время переправы через Дон крымский хан атаковал ордынцев и нанес им серьёзное поражение. Многие ордынцы перешли на службу к крымскому хану Хаджи Гераю, который расселил их в своих владениях и ещё более увеличил свои военные силы. Победы Хаджи Герая приблизили окончательный распад Золотой Орды и последующий разгром её последних правителей в 1502 году Менгли I Гераем, сыном Хаджи Герая.
В августе 1466 года крымский хан Хаджи Герай скончался, он был похоронен в склепе в столичном селении Салачик в черте современного Бахчисарая.